Samuraje jako grupa społeczna pojawili się na przełomie VII i VIII wieku n.e. Przyczyn genezy można się dopatrywać w zmianach w systemie politycznym ówczesnej Japonii. Od czasu powstania w 702 roku kodeksu uznającego władzę cesarza nad krajem i oddającego mu ziemie (należące wówczas do poszczególnych rodów) pod władanie rozpoczął się okres tworzenia struktur feudalnych o nazwie shōen, zarządzanych przez gubernatorów. Z czasem władza cesarska przestała mieć na nie jakikolwiek wpływ. Wtedy też zaczęły powstawać oddziały zbrojne podporządkowane właścicielom, mające w razie potrzeby służyć obronie majątków.
Okres rodów Minamoto i Taira

Od XII wieku, kiedy w ówczesnej stolicy Japonii, Kioto, rozpoczął się okres niepokojów, ściągnięto tam do ich stłumienia samurajów. Wtedy też dwa potężne rody Minamoto (faworyzowane przez ród Fujiwara) i Taira (których wspierał ród cesarski) rozpoczęły między sobą walkę. Po długich i krwawych wojnach, zakończonych zwycięstwem rodu Minamoto w bitwie morskiej w Zatoce Dannoura (dzisiejsza Cieśnina Shimonoseki) władza cesarska straciła znaczenie.

W 1192 roku cesarz przyznał Minamoto Yoritomo tytuł seii taishoguna – od tej daty, aż do roku 1868 realną władzę w Japonii sprawował szogunat. Samuraje zaczęli nabierać coraz większego znaczenia, w okresie tym byli to przede wszystkim wojownicy służący u boku cesarza i najwyższych dostojników.

Od XII do XIV wieku samurajem zaczyna określać się każdego wojownika wysokiej rangi walczącego konno.

Rzeźba samuraja z epoki Edo - Date Masamune
W okresie od XVII do XIX wieku samurajem określany jest także wasal szoguna lub feudalny władca daimyō. Pod koniec tego okresu wielu zubożałych panów feudalnych zmuszonych było zwalniać wojowników ze służby – stawali się oni wtedy rōninami. Szacuje się, że u kresu epoki Edo, kiedy Japonia liczyła 27 milionów mieszkańców, było ich około 400 tysięcy.
Przewrót samurajów w 1868 roku

W 1868 (początek epoki Meiji) roku młodzi samuraje obalili szogunat, zlikwidowali struktury feudalne, rozpoczęli wprowadzanie reform i tworzenie nowoczesnego państwa. Niedługo później zakazano samurajom publicznego noszenia mieczy i de facto zlikwidowano ich jako grupę społeczną. Przywrócono władzę cesarza i utworzono nową armię najemną, która krwawo i skutecznie tłumiła wszelkie bunty dawnych samurajów.

Mimo zlikwidowania warstwy samurajów ich etos pozostał żywy w świadomości społecznej, a ludzie wykształceni, bądź pełniący ważne funkcje w państwie stosowali się do zasad bushidō. Do 1945 roku kadra oficerska kultywowała reguły drogi wojownika, a samurajskie miecze stanowiły obowiązkowy element wyposażenia mundurów galowych. Za ostatniego samuraja uważa się pisarza Mishimę Yukio, daleko spokrewnionego z rodem Tokugawa.